Rund eine Million ArtenFinder-Daten an GBIF übermittelt: Software-Installation ermöglicht automatisierten Datenfluss zu führender Biodiversitätsdaten-Ressource

Etwa 80.000 Beobachtungen heimischer Tiere, Pflanzen und Pilze werden allein innerhalb eines Jahres von Naturliebhaber:innen an den ArtenFinder gemeldet, eine von der Stiftung Natur und Umwelt Rheinland-Pfalz (SNU) betriebene Datenbank für die Registrierung von Artvorkommen. Ziel der Initiative ist es, den jeweiligen Landesbehörden und Naturschutzinitiativen wertvolle Informationen bereitzustellen, für die Vielfalt und Schönheit der Natur zu sensibilisieren und Artenkenner:innen aller Altersklassen und Hintergründe zu vernetzen. Daten können bundesweit über den ArtenFinder gemeldet werden. Aktuell sind Rheinland-Pfalz und Berlin (verantwortlich hier die Stiftung Naturschutz Berlin, SNB) die Bundesländer, die die Daten in ihre jeweilige Landesdatenbank einspeisen. Allein in Rheinland-Pfalz konnten so seit Inbetriebnahme der Datenbank im Jahr 2011 rund eine Million Datensätze zusammengetragen und über das Artenfinder-Portal veröffentlicht werden.

Um dem stetig wachsenden Datenschatz von ArtenFinder zu noch größerer Sichtbarkeit zu verhelfen – gerade auch in der Wissenschaftscommunity, hat die SNU nun Unterstützung von NFDI4Biodiversity erhalten: Durch die Installation eines erprobten Softwareprogramms können die Daten jetzt auch automatisiert und offen in der Global Biodiversity Information Facility (GBIF) publiziert werden. Damit werden sie der weltweiten Wissenschaftscommunity zugänglich: Forschende und andere Dateninteressierte finden dort Hunderte Millionen von Daten aus Museen, Feldforschung und Bürgerwissenschaften, die bereits für etliche wissenschaftliche Studien zu relevanten Themen wie Klimawandel, invasiven Arten oder Naturschutz herangezogen wurden.

"Wir freuen uns sehr, dass die Daten nun Wissenschaftlern auf der ganzen Welt zur Verfügung stehen."

Jochen Krebühl (Geschäftsführer der Stiftung Natur und Umwelt Rheinland-Pfalz)

Darüber hinaus sind die ArtenFinder-Daten in dem auf GBIF aufbauenden, in NFDI4Biodiversity entwickelten Lebendigen Atlas der Natur Deutschlands (LAND) zu finden – einem Biodiversitätsdatenportal, über das Arten in der eigenen Umgebung entdeckt werden können.

"Wir freuen uns sehr, dass über die Förderung von NFDI4Biodiversity eine automatisierte Weiterleitung der ArtenFinder-Daten zu GBIF möglich wurde und diese Daten nun auch Wissenschaftlern auf der ganzen Welt zur Verfügung stehen", sagt Jochen Krebühl, Geschäftsführer der SNU.

Softwareinstallation mit großer Wirkung

Möglich wurde die Anbindung an GBIF durch die Installation der BioCASe Provider Software (Biological Collections Access Service). Sie ermöglicht es datenhaltenden Einrichtungen, Vorkommensdaten als Webservice und XML-Archiv zu veröffentlichen, damit sie anschließend von GBIF gelesen und im Datenportal verfügbar gemacht werden können. Dies ist möglich, ohne dabei in die bestehende Datenbankstruktur einzugreifen. Obwohl die Software für jedes konzeptionelle XML-Datenschema verwendet werden kann, kommt sie hauptsächlich bei der Veröffentlichung von Vorkommensdaten aus Beleg- oder Beobachtungsdatenbanken für primäre Biodiversitätsdatennetzwerke unter Verwendung des ABCD-Datenstandards und seiner Erweiterungen zum Einsatz – neben GBIF etwa für das Global Genome Biodiversity Network (GGBN).

Weiterhin umfasste die Implementierung des automatisierten Datenflusses notwendige Transformationen auf Datenbankebene (durch Views) sowie die Erstellung und Befüllung einer Metadatentabelle aufseiten der ArtenFinder-Datenbank. Um eine regelmäßige Aktualisierung der Daten sicherzustellen, wurde darüber hinaus eine wöchentliche Aktualisierung der von BioCASe erzeugten XML-Archive durch entsprechende Cron-Jobs eingerichtet. Die Publikation der Daten erfolgt unter CC-BY-Lizenz, um den Wunsch nach Attribution des ArtenFinder-Portals bei Verwendung des Datensatzes deutlich zu machen.

NFDI4Biodiversity stellte finanzielle Mittel bereit

Finanziert werden konnte die Installation aus Projektmitteln des von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) geförderten Großprojekts NFDI4Biodiversity im Rahmen der Nationalen Forschungsdateninfrastruktur (NFDI). Zwei Partner des Netzwerks halfen bei der Umsetzung: die Gesellschaft für Biologische Daten e.V. (GFBio e.V.) – als Vertragspartner für die Stiftung und ihren technischen Dienstleister, sowie das Zentrum für Biodiversitätsinformatik und Sammlungsdatenintegration (ZBS) am Botanischen Garten Berlin (Bo), das fachliche Unterstützung für die Installation der Provider-Software leistete.

"Wir freuen uns sehr, dass wir als Expertennetzwerk dazu beitragen konnten, hochgradig relevante Daten vielen neuen Nutzerinnen und Nutzern zugänglich zu machen", sagt Barbara Ebert, Geschäftsführerin der GFBio e.V. und Stellvertretende Sprecherin des NFDI4Biodiversity-Projekts. "Neben den großen Linien, die wir über Jahre hinweg verfolgen, sind es diese vergleichsweise kleinen, aber sehr wirkungsvollen Lösungen, die den Mehrwert von NFDI4Biodiversity für die Community ausmachen."

Kontakt

Bei Fragen zum ArtenFinder-Projekt wenden Sie sich gern an Projektmanagerin Susanne Müller (Susanne.Mueller@snu.rlp.de).